（1）实验一中，纯种灰身长翅与纯种黑身残翅果蝇杂交，得到的F1中雌雄果蝇全部为灰身长翅，说明灰身对黑身是显性性状、长翅对残翅是显性性状，实验二纯种红眼与白眼果蝇杂交，得到的F1中雌雄果蝇全部为红眼，说明红眼对白眼是显性性状． 　　（2）实验一，侧交后代灰身长翅、灰身残翅、黑身长翅、黑身残翅，所占比例分别为42%、8%、8%、42%．灰身：黑身=1：1，长翅：残翅=1：1，因此每一对相对性状的遗传符合基因分离定律；由于亲本基因型是BBDD、bbdd，子一代的基因型是BbDd，BD位于一条染色体上，bd位于一条染色体上，雌性个体在进行减数分裂产生配子的过程中，同源染色体的非姐妹染色单体之间发生交叉互换，产生基因型为Bd、bD两种重组类型的配子，且BD、bd两种类型的配子多且相等，重组类型的配子少且相等，因此用黑身残翅雄蝇与F1中的灰身长翅雌蝇测交，得到F2中表现型有灰身长翅、灰身残翅、黑身长翅、黑身残翅，所占比例分别为42%、8%、8%、42%． 　　（3）由分析可知，果蝇的红眼对白眼是显性性状，且位于X染色体上，子二代雄果蝇中红眼、白眼各占一半，因此子一代的雌果蝇的基因型是XEXe，子二代雌果蝇都是红眼，因此子一代雄果蝇的基因型是XEY，亲本基因型是XEXE、XeY；白眼雄果蝇的基因型是XeY，子一代果蝇的基因型是XEXe，二者杂交后代表现为红眼雌果蝇：白眼雌果蝇：红眼雄果蝇：白眼雄果蝇=1：1：1：1，如果基因位于常染色体上，白眼雄果蝇的基因型是ee，子一代雌果蝇的基因型是Ee，杂交后代仍然是红眼雌果蝇：白眼雌果蝇：红眼雄果蝇：白眼雄果蝇=1：1：1：1，不能判断基因位于常染色体上，还是位于X染色体上． 　　（4）如果说明不发生交叉互换，可以用基因型为BbDd的雄性个体与基因型为bbdd的个体进行杂交，不发生交叉互换，基因型为BbDd的个体产生的配子的类型是两种，BD：bd=1：1，测交后代的表现型是2种，比例是1：1，如果发生交叉互换，则会产生4种配子类型，测交后代的表现型是4种； 　　说明果蝇的眼色遗传与性别有关的杂交组合是XeXe与XEY杂交，因此若进行一次杂交实验，既能说明雄性果蝇不发生交叉互换，又能说明果蝇的眼色遗传与性别有关，则用来杂交的亲本基因型最佳组合为bbddXeXe×BbDdXEY． 　　故答案为： 　　（1）灰身、长翅、红眼 　　（2）基因分离 F1雌蝇在产生配子（卵细胞）的过程中发生了交叉互换，导致产生的两种（亲本型）BD和bd配子（卵细胞）数量多且相等，产生的两种（重组型） Bd和bD配子（卵细胞）数量少且相等 　　（3）XEXE×XeY 不能 不论控制眼色的基因位于常染色体还是X染色体上，其后代均有两种表现型；且每种表现型的性别比例均为1：1，故不能确定果蝇的眼色基因是否在性染色体上 　　（4）bbddXeXe×BbDdXEY