问题标题:
ncbi蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specifichit/non-specifichit
问题描述:
ncbi蛋白质比对结果后会有保守域的预测,其中specifichit/non-specifichit
卢绍文回答:
以下是英文解释:
specifichitsmeetorexceedadomain-specifice-valuethreshold(illustratedexample)andrepresentaveryhighconfidencethatthequerysequencebelongstothesameproteinfamilyasthesequencesusetocreatethedomainmodel
non-specifichitsmeetorexceedtheRPS-BLASTthresholdforstatisticalsignificance(defaultE-valuecutoffof0.01,oranE-valueselectedbyuserviatheadvancedsearchoptions)
照我理解的话,就是说specifichit就是铁定是这个家族的东西了,各种该保守的保守功能就跟这个家族的蛋白功能一样了,可以看做是正房太太的孩子;而non-specifichit就是说跟这个家族中保守区域绝大多数位置氨基酸是一样的,具有统计学意义,但是由于技术原因没有做过这种蛋白的具体功能,所以就是算偏房姨太太的孩子咯.
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